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对病原生物有直接或间接毒害作用的化学物质，统称杀菌剂。使用杀菌剂杀死或抑制病原生物，对未发病的果树进行保护或对已发病果树进行治疗，防止或减轻病害造成损失的方法，称为化学防治。在核桃树病害的化学防治中，药剂种类繁多，其作用机制也较复杂，但其防治原理，基本分为以下四种。
（1）保护作用
在病原物侵入寄主以前，使用化学药剂保护果树或周围环境，杀死或阻止和病原生物侵入，从而起到防治病害的作用，成为化学保护作用。施在植物表面，保护其不受侵染的药剂，叫做保护剂。保护剂不能进入植物体内，对已经侵入的病原物无效。为此，保护剂应在病原物侵入之前使用，撒布时做到均匀、周到。
在核桃树休眠期使用药剂杀死或抑制果树上及周围环境中潜藏的病原物，消除侵染来源，也是一种保护作用，为此而使用的药剂称为铲除剂。铲除剂杀菌力强，但易造成药害，因此要在休眠期使用，或施在果树的周围环境中，不能与果树直接接触。
（2）治疗作用
当病原物已经侵入植物或植物已经发病时，使用化学药剂处理植物，使体内的病原物被杀死或受到抑制，或改变病原物的致病过程，或增强寄主的抗病能力，成为化学治疗作用。用作化学治疗的药剂一般具有内吸性，而且可在植物体内传导，称为内吸治疗剂。
（3）免疫作用
植物化学免疫是将化学药剂引入健康植物体内，以增强植株对病原物的抵抗力，从而起到限制或消除病原物侵染的作用。如用乙硫氨酸或较高浓度的植物生长素处理植物，能促使细胞壁的组分与钙桥牢固交联，使细胞壁的中胶层不易分解，可减轻各种腐烂病的症状。
（4）钝化作用
某些化学物质如金属盐、氨基酸、维生素、植物生长素、抗菌剂等进入植物体内后，能影响病毒的生理活性，起到钝化病毒的作用。病毒被钝化后，侵染力和繁殖力降低，危害性也减轻。有时钝化作用也可通过药剂对寄主植物细胞的生理达到效果。
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